З перших днів свого існування пріоритетним напрямом діяльності Ліга обирає природоохоронну роботу. Саме практична діяльність формує відповідальне ставлення людини до природи.
В 1999 році з’являються іміджеві акції Всеукраїнської екологічної ліги, які на слуху в багатьох людей по всій Україні, акції, по яким пізнають Лігу в різних регіонах.
Метою акції «Первоцвіт» є привернення увагу до проблеми охорони ранньоквітучих лісових рослин. Щоб запобігти винищенню перших весняних квітів, члени Всеукраїнської екологічної ліги ведуть оперативну роботу – припинення торгівлі первоцвітами, що привозять з Криму, Карпат, складання протоколів на порушників, проведення рейдів, патрулювання на ринках разом з працівниками МВС, та пропагандистську, просвітницьку – роздача листівок, звернень до населення про збереження ранньоквітучих весняних квітів, які хижацькі знищуються заради фінансової вигоди.
В ході акції «Посади своє дерево» члени ВЕЛ із залученням широких верств населення висаджують дерева та кущі у парках, скверах, гаях, біля дитячих садочків та навчальних закладів по всій території України, на берегах озер та річок. В 2000 році ВЕЛ розпочала реалізацію проекту «Парк тисячоліть», в рамках якого було створено та облаштовано десятки парків по всій Україні, закладено пришкільні дендроділянки, надана допомога в розвитку колекцій Ботанічних садів. Налагоджена співпраця із зоопарками.
Мета акції «Збережи ялинку» – показати громадянам нашої держави передноворічного вирубування хвойних дерев. У її рамках ВЕЛ щороку проводить широку інформаційно-агітаційну кампанію: розповсюджує листівки та методичні матеріали, організовує конкурс «Замість ялинки – зимовий букет». Серед заходів – патрулювання на ділянках з хвойними насадженнями для їх збереження, в місцях продажу ялинок, щоб виявити порушення.
Всеукраїнську екологічну лігу з перших років своєї діяльності турбує ситуація з водними ресурсами у державі. У 2001 році починається реалізація соціального проекту «Чиста питна вода – екологічне благополуччя українського народу», започатковано акцію «Нове життя джерел» (розчищення, облаштування та догляд території навколо джерел питної води: колодязів, артезіанських свердловин, бюветів), з 2002 році члени організації беруть участь у всеукраїнському конкурсі «До чистих джерел».
У 2002 році було розпочато унікальний проект «Рекультивація Кримських згарищ»,в ході якого відновлювали пошкоджену пожежею популяцію сосни Станкевича на території 59 га в заказнику «Мис Айя» (АР Крим). З цього питання було підготовлено методичні рекомендації для пропаганди та поширення досвіду відновлення зелених насаджень, пошкоджених пожежами.
З роками Ліга розширює коло екологічних проблем, якими вона опікується. Було організовано проведення нових акцій: «Громадська інвентаризація зелених насаджень у парках, скверах, на прибудинкових територіях», призначена для забезпечення обліку і контролю за станом зелених насаджень; «Амброзія – небезпечна рослина», мета якої – привернути увагу різних верст населення, державних органів влади та місцевого самоврядування до проблеми поширення карантинного бур’яну – амброзії полинолистої, що спричиняє тяжкі алергічні захворювання; «Громадський контроль за станом об’єктів природно-заповідного фонду», спрямована на захист і примноження неоціненних природних багатств для нинішнього й прийдешніх поколінь; «Врятуй свою річку», метою якої є обстеження екологічного стану річок та їх прибережних захисних смуг; «Жовте листя», мета якої – привернути увагу громадськості до проблеми шкідливості спалювання опалого листя та пожнивних залишків восени. Спалювання листя значно погіршує стан атмосферного повітря і цим самим негативно впливає на здоров’я людей.
