Враховуючи досвід екологічного громадського руху кінця 80-х – початку 90-х років 20 століття, коли гасла і вимоги неурядових організацій не завжди мали наукове обґрунтування, ВЕЛ з самого початку своєї діяльності залучила до громадської роботи відомих вчених і практиків у галузі охорони навколишнього середовища, біології, хімії, геології, географії, ґрунтознавства, сільського господарства, медицини, екологічної юриспруденції та освіти.
Всеукраїнська екологічна ліга має свій дорадчий орган – Наукову раду, до якої увійшли провідні вчені-екологи. Саме їх рекомендації стають підґрунтям для дій Ліги щодо захисту довкілля.
Наукова рада ВЕЛ є дорадчим органом, який створюють для формування політики, визначення основних напрямів діяльності, наукового обґрунтування практичної природоохоронної роботи ВЕЛ.
Наукова рада керується у своїй діяльності Статутом ВЕЛ та Положенням.
До складу Наукової ради ВЕЛ входять голови Наукових рад при обласних організаціях ВЕЛ, провідні вчені з різних галузей екологічної науки (за поданням Правління ВЕЛ).
Очолює Наукову раду Голова, кандидатуру якого затверджує Правління ВЕЛ.
Структуру Наукової ради ВЕЛ формують Наукові ради при обласних організаціях, комісії, науково-експертний комітет.
Наукову раду при обласній організації ВЕЛ створюють за рішенням Правління, вона діє відповідно до Положення про Наукову раду.
За п’ятнадцять років склалася система роботи Наукової ради ВЕЛ, сформувались напрями її діяльності: виявлення джерел та чинників екологічного ризику; розроблення заходів на національному та регіональному рівнях щодо зменшення впливу об’єктів потенційної небезпеки; обґрунтування практичних дій із впорядкування територій, озеленення міст та сіл; проведення еколого-освітньої роботи з дітьми та молоддю для формування нового, природоохоронного менталітету у підростаючого покоління; видання науково-популярної літератури з екологічної тематики (карти, атласи, книги, навчальні посібники), спрямованої на ознайомлення широкого загалу з екологічними проблемами України та шляхами їх подолання, організація та проведення тематичних виставок наукових розробок і досягнень, що мають сприяти зниженню рівня забруднення; розроблення довгострокових регіональних екологічних програм на засадах збалансованого (сталого) розвитку.
Світова практика участі громадськості у розв’язанні конкретних екологічних проблем наочно довела, що завдяки залученню значного інтелектуального, наукового і патріотичного потенціалу в багатьох випадках вдалося уникнути шкідливих наслідків для довкілля або звести їх до мінімуму.
Зібрання вчених, які організувала ВЕЛ, здобули визнання вітчизняних та зарубіжних наукових кіл.
